Gjatë viteve 1986 – 1988 kur Isa Mustafa ushtronte mandatin e dytë si kryetar i Këshillit Ekzekutiv (KE) të Komunës së Prishtinës, njëkohësisht mbante edhe një post tjetër shumë të rëndësishëm dhe delikat, ishte drejtor i Entit Krahinor të Planifikimit Shoqëror. Gjatë kësaj periudhe, kur Sllobodan Millosheviqi erdhi në pushtet, në pozitën e Kryetarit të KQ të LK të Serbisë, Kosova përballej me shumë sfida dhe njëra nga sfidat më të rënda ishte padyshim: procesi i ndryshimeve në Kushtetutën e Serbisë dhe atë të Kosovës, e cila më 23 mars 1989, rezultoi me heqjen Autonomisë që kishte Kosova me Kushtetutën e vitit 1974. Në këto zhvillime dramatike për popullin shqiptar, kontribut të veçantë, për Serbinë unike, e cila dobësoi deri në fund autonominë e Kosovës, ka dhënë edhe kryeministri aktual i vendit, Isa Mustafa, në cilësinë e “ekspertit” por edhe si drejtor i Entit Krahinor të Planifikimit Shoqëror. Nuk është rastës,i që Isa Mustafa nënshkruan aq lehtë çdo marrëveshje me Serbinë në dëm të interesit të Kosovës. Kjo veprimtari e tij ka filluar qysh në vitin 1981 dhe tani në vitin 2015 po kurorëzohet me hapa drejt funksionalizimit të Serbisë brenda Kosovës, pavarësisht luftës çlirimtare dhe shpalljes së pavarësisë së Kosovës.
Veprimtari, i burgosuri politik dhe publicisti, Sheradin Berisha ka gjurmuar në tërësi aktivitetin e Isa Mustafës gjatë kohës së regjimit të Titos dhe të Milosheviqit dhe duke u mbështetur në shtypin e kohës, në gazetën “Rilindja”, e cila ishte organ i LSPP të Kosovës dhe “viktimë që glorifikonte xhelatin e vet” sikur shkruante asokohe Jusuf Gërvalla, si dhe në raportet e RTP-së ka ndriçuar shumë aktivitete dhe veprime antikombëtare të kryeministrit aktual dhe tërë klases politike komuniste të Kosovës.