Në mesin e shumë e shumë padrejtësive të Prokurorisë së Gjykatës Speciale kundër krerëve më të lartë të UÇK-së është fshehja me qëllim tendencioz e fakteve dhe të dhënave që dëshmojnë pafajësinë e Hashim Thaçit dhe bashkëluftëtarëve të tij, Kadri Veseli, Jakup Krasniqi dhe Rexhep Selimi, për segmentin komandues. Në mesin e dëshmive që Prokuroria Speciale i ka mbajtur fshehtë janë edhe dëshmia e ish-shefit të parë të OSBE-së në Kosovë, Daan Everts, si dhe dokumenti i agjencisë së inteligjencës amerikane, CIA. Për këto skandale që kanë ndodhur në Gjykatën Speciale kanë shkruar edhe institute hulumtuese ndërkombëtare në fushën e drejtësisë dhe media të ndryshme.
Me rastin e fillimit të gjykimit kundër krerëve të UÇK-së, Instituti “Robert Lansing” ka shkruar se dëshmia e ambasadorit holandez Daan Everts është mbajtur fshehtë nga viti 2018 dhe të njëjtën Prokuroria e udhëhequr nga Jack Smith e ka zbuluar vetëm kur ishte kapur në këtë vepër të paligjshme nga avokati i Hashim Thaçit. U zbulua po ashtu edhe letra e Departamentit Amerikan të Shtetit e datës 4 maj të vitit 1999, ku thuhet se nuk ka pasur asnjë strukturë politike apo komandim dhe kontroll efikas të UÇK-së, thuhet në raportin e institutit ndërkombëtar. Raporti i CIA-s konkludonte pasi nuk ka strukturë politike në Kosovë apo komandë dhe kontroll efektiv të UÇK-së, do të duheshin shumë muaj, ndoshta edhe vite, për t’i organizuar ato për të përdorur dhe mirëmbajtur çfarëdo ndihme ushtarake që Shtetet e Bashkuara do të ofronin”, thuhej në letrën e CIA për zyrtarë të Qeverisë amerikane rreth çështjes së ndihmës për UÇK-në, me armatim dhe asistenca tjera. Akuza qendrore e Prokurorisë pretendon se Thaçi dhe krerë të tjerë gjatë luftës kishin kontroll të plotë dhe të mirëfilltë mbi të gjithë komandantët dhe tërë strukturën e UÇK-së, gjë që përgënjeshtrohet edhe nga agjencia më e fuqishme në botë, CIA amerikane, përmes dokumentit zyrtar. Trupi gjykues i Gjykatës Speciale ka paralajmëruar se seanca e radhës kundër krerëve të UÇK-së do të rifillojë më 10 maj.