Bekim Çollaku ka shprehur shqetësimin e tij lidhur me themelimin e Gjykatës Speciale, duke e quajtur atë një “thikë pas shpine” për Kosovën në rrugën e saj të shtetndërtimit. Në një intervistë për Rubikon të Klan Kosovës, Çollaku ka theksuar se kjo gjykatë ishte një goditje e ulët për vendin dhe se ishte imponuar me vetëdije nga liderët e atëhershëm, përfshirë presidentin Thaçi, duke pasur shpresën se do të zbardhte pretendimet që janë ngritur në raportin e Dick Martyt, i cili akuzonte UÇK-në për trafikim organesh njerëzore. Bekim Qollaku ka theksuar se, si qytetar i Kosovës dhe jo si anëtar i ekipit të mbrojtjes së presidentit Thaçi, po e thotë këtë duke iu referuar agresivitetit të Prokurorisë së Hagës, e cila përdor çdo deklaratë për të rënduar gjendjen e atyre që janë në paraburgim prej më shumë se katër vjetësh. Ai ka kujtuar një moment kur Kuvendi i Kosovës kishte tentuar të zhbënte Gjykatën Speciale, por kjo nismë dështoi. Çollaku tani e përkufizon vetë themelimin e Gjykatës Speciale si goditjen më të rëndë që ka marrë Kosova gjatë procesit të shtetndërtimit.
