Në verë të vitit 1999, pas çlirimit të Kosovës dhe nënshkrimit të kapitullimit të Serbisë, kishte filluar edhe demilitarizimi i Ushtrisë Çlirimtare të Kosovës, për t’u shndërruar më vonë në Trupat Mbrojtëse të Kosovës, deri në vitin 2000 kur përfundon edhe transformimi i UÇK-së në TMK. Ky shndërrim ishte paraparë me Marrëveshjen e Kumanovës të 10 qershorit të vitit 1999 dhe në pajtim me marrëveshjen e Rambujesë. Trupat Mbrojtëse të Kosovës, ishin pjesë përbërëse e Qeverisë së Përkohshme të Kosovës nën protektoratin e OKB-së, saktësisht Misionit të OKB-së në Kosovë, UNMIK-ut.
Komandanti i parë i TMK-së u emërua Gjenerallejtnant, Agim Çeku. Sipas marrëveshjes, detyrat dhe të drejtat e TMK-së në atë kohë ishin veprimi për ndalimin dhe zvogëlimin dëmeve nga katastrofat natyrore dhe aksidentet, ofrimi i ndihmës në zona të rrezikuara, ndihma në pastrimin e fushave të minuara, ndihma për ri-ndërtimin dhe komunitetet.
TMK-ja ishte themeluar në kohën e fillimit të organizmit institucional të vendit, në Kosovë, por edhe në rajon, e cila rritej e forcohej, por në kushte jo të mira dhe me një buxhet gati qesharak. Më 20 janar 2009, TMK-ja zyrtarisht u shpërbë në FSK. Forca e Sigurisë së Kosovës, fillimisht kishte përgjegjësi që të përballet me katastrofat e rënda, siç janë tërmetet, vërshimet ose zjarret që mund të kërcënojnë Kosovën. Më 4 mars të vitit 2014 Qeveria e Kosovës mori vendimin që të formohen Forcat e Armatosura të Kosovës, si ushtri e Kosovës, e cila parashihet t’i mbërrijë kapacitetet që të mund të sigurojë integritetin e Kosovës, vendim ky që nuk arriti të finalizohej tash e sa vjet, meqë sipas Planit të Ahtisarit, të cilin e kanë votuar të gjithë deputetët dhe Kuvendit të Kosovës parashet qe serbët, nëse duan mund ta pengojnë themelimin e Ushtrisë së Kosovës. Shteti i Kosovës, edhe pse me shumicë shqiptare, është peng i pakicës serbe, të cilën në vazhdimësi e ka manipulura dhe po e manipulon Beogradi.